Hypathie est née à Alexandrie. Elle étudiait les mathématiques et la philosophie. On pense qu’elle a peut-être dirigé l’école néo-platonicienne d’Alexandrie.
Elle dispense des cours de philosophie au service de l’État, dans les années 390.
Nicéphore, au chapitre 16 de son XIVe livre, raconte qu’elle fut admise à l’école de Platon pour y succéder à Plotin. Selon Damascios, elle expliqua « Platon ou Aristote ou tout autre philosophe ». Elle était admirée de tous pour son savoir, sa pudeur et sa décence. « Mais le fait qu’elle fût souvent en compagnie d’Oreste, préfet d’Alexandrie, inspira contre elle une cabale auprès du clergé de Cyrille, évêque d’Alexandrie, qui empêcha la réconciliation de Cyrille avec le préfet ».
Elle fut lapidée par des chrétiens.
Rapporté par Gilles Ménage, Henri de Valois cite dans son Histoire ecclésiastique de Socrate , au chapitre 15 du VIIe livre, les mots de Socrate :
« Il y avait à Alexandrie une femme du noms d’Hypatie, qui était la fille du philosophe Théon. Elle était parvenue à une telle érudition qu’elle surpassait de très loin tous les philosphes de son temps, et qu’elle fut admise à l’école de Platon pour succéder à Plotin, et exposer aux auditeurs les disciplines de la philosophie. Ceux qui étaient épris de philosphie affluaient de toutes parts pour l’entendre. Outre la confiance et l’autorité quelle s’était acquises par son érudition, elle comparut quelquefois devant les juges en montrant une grande modestie. Elle n’éprouvait aucune honte à se montrer fréquemment au milieu des hommes. »
Gilles Ménage – Histoire des femmes philosphes éditions Arléa en janvier 2006.